El 19 de septiembre del 2005, inician provisionalmente los servicios de la Biblioteca de la UAM Cuajimalpa en las instalaciones de la Universidad Iberoamericana (UIA). Debido a la falta de un edificio propio de la UAM-C, ambas instituciones educativas realizaron un convenio de colaboración en el cual, la UIA dispuso parte de sus instalaciones para que la UAM-C llevara a cabo sus actividades académicas. Para ofrecer el servicio de Biblioteca se acondicionó un aula con estantes, mesas de trabajo y computadoras para la recuperación de información en línea y consulta a bases de datos. El acervo bibliográfico se constituyó en ese inicio con la bibliografía básica de las cinco carreras que conformaron el primer ciclo escolar: Administración, Derecho, Diseño, Ingeniería en Computación y Matemáticas Aplicadas.
En el mes de junio del 2006, la UAM-C deja las instalaciones de la UIA, para ocupar un edificio adquirido en comodato, ubicado en Av. Constituyentes 1054. En dicho edificio se dispuso un espacio de 300 m2 aprox. para albergar a la Biblioteca de la unidad, habilitado con veinticinco estantes dobles, doce mesas para trabajo en grupo con cuatro sillas individuales cada plaza, un espacio para lectura informal, un módulo de préstamo y siete estaciones de trabajo para el personal de la Biblioteca. En el mes de junio también del 2006, la Biblioteca de la Unidad Xochimilco permitió el uso del sistema ALEP para la Unidad Cuajimalpa, quedando ésta instalada como una sub-Biblioteca del sistema de automatización de la Unidad Xochimilco.
En el trimestre que inició en septiembre del 2007, se abrieron en la Unidad Cuajimalpa cuatro carreras más: Estudios Socio Territoriales, Estudios Humanísticos, Ciencias de la Comunicación y Tecnologías y Sistemas de Información, e ingresó una nueva generación de las carreras ya existentes. Para esta nueva etapa se dispuso de otro edificio ubicado en la calle de Artificios No. 40, ahí se instaló la población estudiantil de las carreras de las Divisiones Académicas de Ciencias Sociales y Humanidades y Ciencias Naturales e Ingeniería. Para atender las necesidades del servicio de Biblioteca en la nueva sede, se acondicionó un espacio cuyo acervo se constituyó con la bibliografía básica de las carreras que ahí se impartían, obras de consulta, generales y especializadas y una colección de literatura.
Con la ocupación en enero de 2011, de otra sede alterna, ubicada en la calle de Baja California, en la Colonia Roma, destinada para impartir las carreras de la División de Ciencias Sociales y Humanidades, se instala una nueva Biblioteca para cubrir el servicio de préstamo a la comunidad de dicha división.
Es importante mencionar, que la compra de material bibliográfico y el proceso técnico se realizaba de forma centralizada en la sede ubicada en la Av. Constituyentes 1054 y que diariamente se distribuían por mensajería todos libros, DVD y demás materiales bibliográficos a cada una de las sedes alternas.
Finalmente en enero de 2014, la Unidad Cuajimalpa ocupa su sede definitiva, ubicada en Av. Vasco de Quiroga 4871, Cuajimalpa de Morelos, Santa Fe, Ciudad de México. En la cual se destina un espacio para la Biblioteca de aprox. 800 m2; en esa fecha se incorporan los acervos que conformaban las tres Bibliotecas de las sedes alternas y se abre el servicio al público.
El 28 de mayo del 2014, se realiza una ceremonia para inaugurar las nuevas instalaciones de la Biblioteca y se le da el nombre oficial de "Dr. Miguel León-Portilla".
Actualmente el acervo está constituido por más de 33,000 títulos y más de 49,000 volúmenes o ejemplares, ofrece servicios a un número aproximado de 2600 usuarios pertenecientes a la comunidad universitaria de la Unidad Cuajimalpa, constituida por alumnos, personal académico y personal administrativo y tiene una afluencia diaria aproximada de 950 usuarios.
