Una de las líneas de investigación más importantes en el Departamento de Ciencias Naturales es el desarrollo de fármacos e inhibidores enfocados a curar enfermedades de los sectores de más bajos recursos, que es donde las compañías farmacéuticas no realizan desarrollo de productos porque no tiene manera de recuperar el financiamiento que se requiere invertir.
Otra línea de investigación está relacionada con la modificación de enzimas para realizar funciones fuera de los organismos vivos, es decir una aplicación a la biotecnología, con el fin de utilizar la precisión y eficiencia biológica en procesos industriales. La idea es entender los cambios estructurales y otros efectos que se suscitan por la modificación química de las biomoléculas y cómo utilizarlos para su aplicación en la industria.
En ambas líneas de investigación se tiene el doble objetivo de crear conocimiento y de formar recursos humanos especializados en esas áreas, que actualmente son muy demandados.